Αρχείο μοριακών δεδομένων που χρησιμοποιείται από το GROMACS, ένα πρόγραμμα προσομοίωσης μοριακής δυναμικής. Αποθηκεύει πληροφορίες υπολείμματος, οι οποίες αναπαριστούν τα τμήματα βάσης ενός μορίου. Μπορεί να περιέχει άτομα, τα συνδέσμους, γωνίες, και δίεδρα. Χρησιμοποιείται ως αρχείο δεδομένων για μοριακή ανάλυση.
Τα αρχεία RTP χρησιμοποιούνται από το pdb2gmx, ένα πρόγραμμα GROMACS που χρησιμεύει για τη μετατροπή αρχείων Protein Data Bank (.PDB) σε τοπολογίες GROMACS (αρχεία .TOP).